scalaでは他の言語でもできるように、コマンドを叩くことができます。
実際に色んな方が、Processの仕方を紹介をしています。
scala.sys.process | Scalaの標準ライブラリを使ってみる | mwSoft
Scala 2.9.0のscala.sys.processパッケージが便利過ぎる件について - kmizuの日記
scalaで外部コマンドを実行する - Qiita
詰まったところ
実行するjarファイルとは違うディレクトリのファイル操作を行いたかったのですが、cdコマンドがうまく動きませんでした。